Ocena działania PowerChek SARS-CoV-2, grypa A i B

Ciężki ostry zespół oddechowy, koronawirus-2 (SARS-CoV-2) i wirusy grypy mogą stanowić ogromne wyzwanie dla naszego systemu opieki zdrowotnej. Oceniliśmy wydajność zestawu PowerChek SARS-CoV-2, Influenza A & B Multiplex Real-time PCR Kit (PowerChek; Kogene Biotech, Seul, Korea) w porównaniu z panelami oddechowymi BioFire 2 i 2.1 (RP2 i RP2.1; bioMérieux, Marcy l’Étoile, Francja), przy użyciu 147 wymazów z nosogardzieli.

Granica wykrywalności (LOD) testu PowerChek została określona przy użyciu standardów SARS-CoV-2, wirusa grypy A i B RNA. Wartości LOD testu PowerChek dla SARS-CoV-2 i grypy A i B wynosiły odpowiednio 1,12, 1,24 i 0,61 kopii/μl. Dodatnie i ujemne zgodności procentowe testu PowerChek w porównaniu z RP2 i RP2.1 wyniosły 97,5% (39/40) i 100% (107/107) dla SARS-CoV-2; 100% (39/39) i 100% (108/108) na grypę A; oraz 100% (35/35) i 100% (112/112) odpowiednio dla grypy B. Wydajność testu PowerChek była porównywalna z wydajnością RP2 i RP2.1 w wykrywaniu SARS-CoV-2 oraz grypy A i B, co sugeruje jego zastosowanie w diagnozowaniu infekcji SARS-CoV-2 i grypy.

Multipleksowe testy amplifikacji kwasów nukleinowych, które jednocześnie wykrywają wiele patogenów układu oddechowego w jednej próbce wymazu z nosogardzieli (NPS), są szeroko stosowane w szybkiej diagnostyce klinicznej.

• Oceniliśmy panel oddechowy Allplex (RP) 1, 2, 3 oraz test BioFire FilmArray RP pod kątem wykrywania patogenów układu oddechowego z próbek NPS. Ogółem uwzględniono 181 próbek NPS uzyskanych od pacjentów z podejrzeniem infekcji dróg oddechowych w okresie pozagrypowym (sierpień-grudzień 2019 r.).
• Allplex RP 1, 2 i 3 wykrył 154 próbki pozytywne dla wirusów układu oddechowego, podczas gdy BioFire FilmArray wykrył wirusy w 98 próbkach.
• Współinfekcję dwoma lub większą liczbą wirusów wykryto w 41 i 17 próbkach NPS odpowiednio przez Allplex RP i BioFire FilmArray RP. W przypadku adenowirusów Allplex RP 1 wykrył 31 próbek, w porównaniu z 34 przez BioFire FilmArray. W sumie 64 próbki NPS dały wynik pozytywny dla ludzkiego enterowirusa (HEV) i ludzkiego rinowirusa (HRV) na Allplex RP, w przeciwieństwie do 39 HEV/HRV na BioFire FilmArray.
• Wskaźniki wykrywalności wirusa paragrypy (PIV-1-4) różniły się w obu systemach. Najbardziej rozbieżne wyniki zaobserwowano dla próbek NPS z wysokimi wartościami progowymi cyklu uzyskanymi przez Allplex RP. Badanie to wykazało zgodne działanie Allplex RP 1, 2, 3 i BioFire FilmArray RP w jednoczesnym wykrywaniu wielu wirusów układu oddechowego.
• Zakaźna biegunka jest globalnym problemem zdrowotnym w pediatrii; dlatego kluczowe znaczenie ma szybkie i dokładne wykrywanie enteropatogenów. Oceniliśmy panel BioFire FilmArray Gastrointestinal (GI) za pomocą porównawczych testów laboratoryjnych.

Prospektywnie pobrano i przebadano próbki kału od pacjentów pediatrycznych z biegunką.

Jako metodę porównawczą dla bakterii zbadano hodowlę, konwencjonalną reakcję PCR dla biegunki  E. coli oraz test Allplex GI-Bacteria(I). Do analizy rozbieżności zastosowano panel bakteryjny dojelitowy BD MAX. Jako metodę porównawczą dla wirusa zastosowano panel BD MAX Enteric Virus Panel i immunochromatografię, a do analizy rozbieżności zastosowano test Allplex GI-Virus Assay.

„Prawdziwie dodatni” został zdefiniowany jako dodatni wynik hodowli i/lub dodatni wynik z więcej niż dwóch testów molekularnych. Spośród 184 przebadanych próbek kału 93 (50,5%) było rzeczywiście pozytywnych dla 128 patogenów, a 31 (16,9%) było pozytywnych dla wielu patogenów. Panel BioFire GI wykrył 123 patogeny w 90 próbkach. Panel BioFire GI wykazał czułość 100% dla 12 celów i swoistość >95% dla 16 celów. Ogólny odsetek dodatnich wyników i odsetek wielu patogenów wśród pacjentów w grupie bez chorób podstawowych był istotnie wyższy niż w grupie z chorobą hematologiczną (57,0% vs. 28,6% ( p  = 0,001) i 20,4% vs. 4,8% ( p = 0,02)). Panel BioFire GI zapewnia kompleksowe wyniki w ciągu 2 godzin i może być przydatny do szybkiej identyfikacji enteropatogenów

Wdrożyliśmy BioFireFilmArray Meningitis/Encephalitis Panel (MEP) ze wskazówkami dotyczącymi stosowania w oparciu o wiek pacjenta, liczbę białych krwinek (WBC) w płynie mózgowo-rdzeniowym (CSF) i stan układu odpornościowego.

Oceniono wyniki MEP w okresie 2 lat (od 1.01.2017 do 31.12.18) i oceniono znaczenie kliniczne pozytywnych wyników MEP u pacjentów z WBC ≤10 w płynie mózgowo-rdzeniowym. Ogółem 12% (51/453) MEP było dodatnich, a 4/184 (2%) dodatnich w przypadku osób z obniżoną odpornością (bez IC) z ≤ 10 WBCs w płynie mózgowo-rdzeniowym.

Wśród pozytywnych wyników u pacjentów bez IC z ≤10 krwinkami białych krwinek w płynie mózgowo-rdzeniowym żaden nie został oceniony jako istotny klinicznie. Cztery z 6 wyników u pacjentów z obniżoną odpornością i ≤10 leukocytów w płynie mózgowo-rdzeniowym były istotne klinicznie. Zbędne testy były powszechne, a przestrzeganie wytycznych mogłoby bezpiecznie zmniejszyć zużycie przez posłów do Parlamentu Europejskiego o 41% oszczędności > 56 000 USD. Stosowanie się do wytycznych było słabe i można bezpiecznie uniknąć stosowania MEP u dorosłych bez IC z <10 CSF WBC, ale klinicznie istotne wyniki wystąpiły u pacjentów z IC z niską liczbą krwinek białych w płynie mózgowo-rdzeniowym. Wsparcie decyzji klinicznych może ograniczyć niepotrzebne testy i skutkować znacznymi oszczędnościami kosztów

Potencjalny współkrążenie SARS-CoV-2, grypy i wirusa RSV może stanowić bezprecedensowe wyzwanie dla systemów opieki zdrowotnej na całym świecie. Tutaj porównaliśmy wydajność zestawu PowerChek SARS-CoV-2, grypy A&B, RSV Multiplex Real-time PCR Kit (PowerChek) do jednoczesnego wykrywania SARS-CoV-2, grypy A i B oraz syncytialnego wirusa oddechowego z wydajnością Panel oddechowy BioFire 2.1 (RP2.1) wykorzystujący 175 próbek wymazów z nosogardzieli (NPS).

Dodatnia zgodność procentowa i ujemna zgodność procentowa testu PowerChek w porównaniu z RP2.1 były następujące: 100% (40/40) i 100% (135/135) dla SARS-CoV-2; 100% (39/39) i 100% (136/136) na grypę A; 100% (35/35) i 100% (140/140) na grypę B; i 93,1% (27/29) i 100% (146/146) odpowiednio dla RSV. Limit wykrywalności (LOD) uzyskano za pomocą standardów RNA dla każdego wirusa, a wartości LOD testu PowerChek dla SARS-CoV-2, grypy A i B oraz RSV wynosiły 0,36, 1,24, 0,09 i 0,63 kopii/μl , odpowiednio. Nasze wyniki pokazują, że test PowerChek jest czuły i dokładny w wykrywaniu SARS-CoV-2, grypy A i B oraz RSV, co sugeruje, że test ten może być cennym narzędziem diagnostycznym, gdy SARS-CoV-2, grypa i RSV są w obiegu.